現代社會人們對飲食的重視程度越高，對普通食品和飲料的質量以及對新鮮食品的消費的重視程度就越高。同時，另一個巨大的變化是盡量避免使用添加劑和防腐劑。經過某些處理改變了正常微生物補充劑的食品尤其容易受到環境微生物侵蝕。例如，酸奶、奶酪等乳制品、果汁、調味奶及主菜。蘑菇生長有時在潔凈室進行，以防止條件致病孢子的過度生長。

果汁
無菌產品占據了單一包裝（250毫升）果汁和飲料市場。市場正在擴展到其他產品線，包括牛奶飲料、葡萄酒、水、番茄產品和一升包裝。

奶制品
無菌加工通常用于瑞士酸奶、無菌牛奶或奶酪以及瑞典香腸包裝。
一些大型設施需要超過100000級（ISO 8和9）。在美國，杰羅姆奶酪公司在愛達荷州杰羅姆建立了一家價值3600萬美元、140000平方英尺的奶酪和乳清工廠。該工廠有四個主要的加熱和通風系統，每分鐘可輸送13萬立方英尺的空氣，過濾效率為95%，每小時通風15至20次。車間采用正壓送風。

無菌灌裝啤酒、果汁和蘇打水，添加了ISO 5級（100）和ISO 6級（1000）潔凈室。
在傳統系統中，采用隧道式巴氏殺菌法對產品進行各種高溫處理，改變了產品的物理性能。相比之下，對無菌灌裝的低溫熱處理可以在多個方面提高產品的質量。
在啤酒中，香味和新鮮度等感官特性可以得到改善。它還可以提高大多數產品的穩定性，延長貯存期。在果汁中使用時，避免了像管道巴氏殺菌法那樣長時間高溫處理，不會造成營養損失。結果表明，其香氣、口感、色澤等感官性狀得到改善。

肉類加工
美國聯邦農業部的一項研究表明，美國近5%的即食肉制品感染了李斯特菌，這是一種致命的食物傳播疾病，可導致敗血癥、腦膜炎或腦膜腦炎，這是一種影響大腦和脊髓組織的疾病。對孕婦來說，李斯特菌可導致胚胎死亡和死胎。肉食市場的擴大是提高潔凈室技術需求的一個因素。瑞典是這一領域的先驅。

面包店
面包店現在正逐漸采用無塵室技術。日本有很多這樣的例子。無塵車間凈化車間工廠生產各種面包、糖果、大豆豆腐、面條和幾種日本傳統食品。
糖果行業采用生物潔凈室技術。新的、更復雜的、包裝新穎的糖果產品增加了對受控環境（溫度、濕度、細菌水平等）和生產過程自動化的需求，以確保良好的質量和耐用性。